A háttérsugárzásra a közeli világegyetem nyoma is rárakódott. A legfontosabb másodlagos mintázatot a Szunyajev-Zeldovics-jelenség okozza: ez a galaxishalmazokon jön létre: a háttérsugárzás fotonjai ütköznek a galaxishalmazok közötti teret kitöltő ritka, forró plazma nagy sebességű elektronjaival, és azokról jelentősen lecsökkent hullámhosszal (azaz nagyobb energiával) "pattannak le", így egyes irányokban a háttérsugárzás az átlagosnál melegebbnek tűnik.

Az integrált Sachs-Wolfe-jelenség részben a háttérsugárzás gravitációs vöröseltolódásából származik. A háttérsugárzás egy galaxishalmaznál "belehullik" annak potenciálgödrébe. A fotonok energiája ezáltal nő, de amikor kijönnek a gödörből ugyanennyivel le is csökkenne az energiájuk. Azonban ha a világegyetem gyorsulva tágul, akkor amíg a fotonok a gödörben vannak, azalatt a tágulás miatt a gödör mélysége csökken, így a kilépő fotonnak nagyobb lesz az energiája, mint a belépéskori. Ezáltal a galaxishalmazoknál (clusters) megnő a háttérsugárzás intenzitása, a nagy üregeknél (voids) pedig lecsökken.

Harmadrészt megfigyelhetjük a mai világegyetem mikrohullámú pontforrásait, amiben a 2MASS (2 mikrométeres hullámhosszon történt égboltfelmérés) összevetés sokat segíthet. A WMAP adataiból megállapítható továbbá a Tejút sugárzási teljesítménye a 2,83-3,65 mm hullámhossztartományon (W sáv; 3·10³⁰ watt), és az Androméda-galaxisban (az előző érték 1,8-szerese). Ezek a másodlagos zavaró hatások azonban az anizotrópiához képest is kicsik, így annak vizsgálatát nem befolyásolják jelentősen.