A lineáris struktúrafejlődés alapfeltevései egy idő után nem érvényesek, mert a folyamatosan növekvő perturbációk magasabb rendű járulékok figyelembevételét is megkövetelik (gravitációs instabilitás). Sőt egy idő után a perturbációk nagyobbra nőnek a perturbálandó mennyiségeknél, ezért csak az egyenletek numerikus integrálásával lehet nyomon követni fejlődésüket. Különösen igaz ez a kis léptékű (szub-Hubble-) perturbációk növekvő módusaira.